ข้อเสียของสมุนไพร

1. ปัจจุบันข้อมูลการวิจัยสมุนไพรในเมืองไทยมีน้อย และไม่ต่อเนื่องเพียงพอ ที่จะต่อยอดไปสู่ธุรกิจอุตสาหกรรมยาได้

2. การเผยแพร่องค์ความรู้ ด้านสมุนไพรในรูป หนังสือ หรือสื่ออื่นๆ ยังมีไม่มากพอที่จะทำให้ประชาชนเกิดความนิยม ความเชื่อมั่น ในการใช้สมุนไพร

3. ความไม่สะดวกในการบริโภคยาในสมุนไพรแต่ละชนิด(ในธรรมชาติ) มีตัวยาอยู่น้อยและไม่คงตัว ทำให้ผู้บริโภคต้องบริโภคพืชสมุนไพรจำนวนมาก และนำมาปรุงใหม่ๆสดๆวันต่อวัน ซึ่งไม่สะดวกต่อผู้บริโภค บางชนิดก็หายากเป็นอุปสรรคในการใช้สมุนไพร

4.  สมุนไพรบางชนิดต้องเสี่ยงกับความไม่สะอาด  ปนเปื้อนจากเชื้อรา เนื่องจากกรรมวิธี ในการเก็บ หรือการผลิตไม่สะอาด และมีการปนเปื้อนของยาฆ่าแมลงได้ กรณีไม่ตรวจสอบเฝ้าระวัง วัตถุดิบที่เก็บมาให้ถูกต้อง

5. สมุนไพรบางชนิดยังโตไม่เต็มที่ เกษตรกรรีบเก็บมาขาย ทำให้ตัวยาสมุนไพรมีน้อยไม่เข้ามาตรฐานอาจทำไห้ผลในการรักษาไม่เต็มที่

6. รัฐบาลยังควบคุมมาตรฐานการผลิตสมุนไพรในโรงงานยาต่างๆไม่ทั่วถึง ทำให้ยาสมุนไพรที่วางจำหน่ายไม่ได้มาตรฐาน ขาดประสิทธิภาพในการรักษาโรค

7. ประชาชนยังไม่รู้จักต้นไม้สมุนไพรบางชนิด เพราะหายาก ไม่เป็นที่รู้จักแพร่หลาย ทำให้เสี่ยงต่ออันตรายในการใช้ไม่ถูกต้อง ไม่ถูกวิธี